胃肠道是细菌的“大仓库” 。这里共生着500－1000种1000万亿个细菌（1X1014），总重量超过1。5公斤，若以单个细菌排列，可围绕地球两圈。它们与人体互利共生: 它们一方面利用人体消化的食物残渣和胃肠道，作为自身生存的条件和环境；另一方面又为人体提供着各种维生素（B1。2。6。12。叶酸。VitH和VitK）、必须的氨基酸和一些抗菌素与多肽；它们一方面可以分解体内一些有毒和有害物质（如亚硝胺、硫化氢和乳酸等），抑制蛋白质的腐败；另一方面又可参与人体肠上皮的生长、分化、存活、炎症、免疫反应，抑制有害病菌的繁衍和生长。它们还可参与人体的能量代谢，促进能量的贮存，降解胆固醇，促进Ca、Mg、Fe的吸收，维持肠道的pH,促进肠道蠕动，维持肠道微环境的内稳定。因此，肠道细菌不仅是人体的“好朋友”和“好住户”，还是附着人体的一个重要的“器官”，辅助人体的营养、代谢、生长、免疫、防御和调节功能。肠道细菌失调不仅会产生多种胃肠道疾病如腹泻、便秘、痢疾、激惹性肠炎(IBD)、溃疡性结肠炎(UD)和Crohn病等，还会诱发肥胖、衰老、癌症、糖尿病、代谢综合症和心血管病等。因此，有人称它们是人体的“Driver of homeostasis and diseases”, “We monitor them; They monitor us。”,相互依存，共生共利，互利互惠。

   肠道细菌80%以上都是对人体有益的细菌，如双歧杆菌、乳酸杆菌、乳链球菌等等。但是也有少数是对人体有害的细菌，如产气荚膜杆菌、假单孢菌、威尔斯菌、葡萄球菌、绿脓菌等等。在正常状态下，肠道细菌维持着菌群稳定，有益细菌抑制着有害细菌的生长和繁殖，发挥着“体外器官”的作用。随着环境、年龄、生理。食物、药物等条件的改变，肠道的菌群谱亦会相应发生改变。近年来研究证明，肠道菌群成分、结构和比例，与人体健康和疾病发生有着密切关系。不同的肠道菌群谱可以致病，亦可以防病: 可以致癌，也可以抗癌；可以致肥胖，也可引起消瘦；可以诱发糖尿病，也可以防糖尿病；可以促进衰老，亦可以延年益寿；------不同的菌群谱，产生不同的生理和病理效应。它们既是健康和疾病的诱发或始发因素；亦是健康和疾病的“晴雨计”。有人估计，约有90%的疾病都与肠道细菌有关，成为研究人体健康、疾病发生和防治疾病的新领域、新靶点。正如公元前400年Hippocreates所预言的一样：“Death site in Bowels”，它是人类“Rool at all evil”。肠道细菌再次引起人们的高度关注。近十年来，有关文献报道，增长了三倍。未来我们将有可能利用肠道菌群谱来认识和诊断疾病，调整肠道菌群来治疗和预防疾病，应用肠道菌群谱来开发新的药物和防治方法。

   最近由我国科学家参与完成的人肠道细菌基因组计划（MetaHit计划），证明人体肠道细菌群约有300万个基因，而人体的基因仅有2万个，它是人体基因的150倍（Natrure 464:59,2010）。这对诠释肠道细菌和人体健康的关系，研究肠道细菌在疾病的发病中的作用，监控、预防、干预肠道细菌，开发新药都具有重要意义。一个研究人体微生物的高潮正在兴起。